Клуб образован в 1927 году.
Долгое время – более 60 лет (до появления и взлета «Анжи»), команда из Махачкалы считалась флагманом дагестанского футбола.
В 1958 году коллектив был переименован в «Темп», в 1960-м – снова в «Динамо». С 1996 по 1997 года команда носила имя «Динамо-Имамат», в 1998 году вернулась к историческому названию.
В 2007 году клуб был расформирован, в 2021-ом – возрожден на базе клуба «Махачкала».
Обладатель Кубка РСФСР 1967 года.
Восьмикратный чемпион Дагестана.
Участник первенства СССР (1946, 1958—1991 годы) и первенства России (1993—2006 годы).
Автором одним из клубных достижений является воспитанник ставропольского футбола Сергей Сердюков, который оформил первый хет-трик «Динамо» в первом дивизионе. Это случилось шестого ноября 2004 года в матче с ижевским «Газовиком-Газпромом».
С нынешнего сезона выступает в первой группе Футбольной национальной лиги.
В поединке первого круга в Ставрополе успех отпраздновал дагестанский коллектив – 3:2.
Сейчас «Динамо» с 50 очками в копилке (в активе махачкалинцев – 15 побед, в пассиве – два поражения, еще пять встреч бело-голубые завершили вничью) расположилось на втором месте в турнирной таблице.
Статистика последних личных встреч «Динамо» (Ставрополь) и «Динамо» (Махачкала)
| Дата | Турнир | Команды | Счет |
| 05.04.2002 г. | Кубок России, 1/128 финала | «Динамо» (Ставрополь) — «Динамо» (Махачкала) | 0:0, 0:0, по пенальти – 2:4 |
| 11.06.2002 г. | Первенство России, зона «Юг», второй дивизион | «Динамо» (Махачкала) — «Динамо» (Ставрополь) | 3:1 |
| 06.10.2002 г. | Первенство России, зона «Юг», второй дивизион | «Динамо» (Ставрополь) — «Динамо» (Махачкала) | 3:2 |
| 25.05.2003 г. | Первенство России, зона «Юг», второй дивизион | «Динамо» (Махачкала) — «Динамо» (Ставрополь) | 3:1 |
| 19.09.2003 г. | Первенство России, зона «Юг», второй дивизион | «Динамо» (Ставрополь) — «Динамо» (Махачкала) | 1:2 |
| 12.09.2021 г. | Первенство России, первая группа, ФНЛ-2 | «Динамо» (Ставрополь) — «Динамо» (Махачкала) | 2:3 |
