Клуб основан в 1991 году.
На профессиональном уровне «орлы» дебютировали в 1992 году, а в 1996-ом вышли из второй лиги в первый дивизион. Еще через четыре года коллектив из столицы Дагестана пробился в высшую лигу. В первом же сезоне в классе сильнейших «Анжи» замкнул квартет лучших. Этот результат позволил северокавказской дружине дебютировать на международной арене – в Кубке УЕФА.
В 2001 году махачкалинцы пробились в финал Кубка России, по итогам же чемпионата-2002 заняли 15 место и вылетели из элиты. Возвращения в сильнейший дивизион болельщикам «орлов» пришлось ждать семь лет.
В 2011 году в «Анжи» наступила «золотая эпоха». Владельцем клуба стал Сулейман Керимов, после чего в ряды команды начали вливаться футболисты мирового уровня: бразилец Роберто Карлос, камерунец Самюэль Это’О, марокканец Мубарак Буссуфа, конголезец Кристофер Самба, француз Лассан Диарра и другие маститые легионеры. Пополнили махачкалинский состав и отечественные звезды: Владимир Габулов, Юрий Жирков, Олег Шатов, Андрей Ещенко, Игорь Денисов, Федор Смолов, Александр Кокорин, Алексей Ионов. А возглавил дагестанский интернационал знаменитый голландский «Волшебник» Гус Хиддинк, в тренерский штаб которого вошел и ставропольский специалист Олег Василенко.
В сезоне 2013/2014 годов «Анжи» завоевал бронзу чемпионата России, вторично пробился в финал национального Кубка, а также изрядно «пошумел» в Европе, добравшись до 1/8 финала Кубка УЕФА. Однако вскоре сказка закончилась. Владелец клуба решил значительно сократить финансирование, что не замедлило сказаться на результатах.
В 2014 году команда вылетела в Футбольную национальную лигу, но через год все же вернулась в премьер-лигу. Проведя без особого блеска в классе сильнейших еще четыре сезона, затем «орлы» покинули элиту и сразу – минуя ФНЛ, спустились в ПФЛ.
12-летняя история противостояний «Динамо» и «Анжи» насчитывает всего шесть официальных матчей. В трех случаях успех отпраздновали «орлы», в трех других – наши парни.
После осенней части первенства страны дагестанская команда, набравшая 30 очков (девять побед, три ничьих, шесть поражений), обосновалась на шестом месте в турнирной таблице.
